I 1992 opstod de første rygter om, at fredningen på Havnø Mølle ville blive ophævet og møllen flyttet til Als, Sønderjylland, til erstatning for Vibæk vindmølle, der var nedbrændt. Museumsinspektør Lise Andersen på Hadsund Egnsmuseum protesterede og efter lange forhandlinger overtog det lille egnsmuseum møllen den 1. september 1994. Den tidligere ejer, Carl Lüttichau, så gerne møllen bevaret på stedet, men havde ikke selv mulighed for at gennemføre den helt nødvendige restaurering, efter at en restaurering sat i værk af Nationalmuseet i 1970'erne var slået helt fejl.
I årene efter blev møllen restaureret trin for trin i den rytme, som det var muligt at skaffe financiering. Restaureringen var færdig i november 2000, og efter at et møllelaug var stiftet og oplært blev den genindviet den 2. september 2001.
I 2004 fusionerede egnsmuseet med Nordjyske Museer, som ikke ønskede at eje møllen. I dag ejes Havnø mølle af foreningen Havnø Mølles Venner.
Klik på billederne for at se dem i stor størrelse.
